Hess, tenia sus razones por las cuales viajó a Escocia, estas se pueden resumir en que él estaba convencido que una guerra en dos frentes sería fatal para Alemania, tenía relaciones en Inglaterra debido a su estrecha amistad con Haushofer, su pasión por el NSDAP, lo forzaban a buscar la mejor salida, que era hacer la paz con Inglaterra para atacar a Rusia y obtener el "Espacio Vital" que, según Haushofer, era imprescindible para Alemania, el 10 de Mayo de 1941 hace su controversial vuelo a Escocia, Su llegada produce un enfrentamiento entre facciones políticas en Inglaterra, Churchill, quien amenaza con acusar de traición a la patria, a quien trate de pactar cualquier acuerdo con Hess, la suerte está echada para Rudolf Hess que es encarcelado por el resto del conflicto, hasta el final de la guerra.

Luego de finalizar la guerra, en Nuremberg, el 01 de Octubre de 1946, fue sentenciado a prisión perpetua, debido a que todas las decisiones ministeriales de todos los ministerios, excepto guerra y exteriores, llevaban su firma. Eso quizás le salvó la vida, pero no lo libró de la segunda pena máxima después de la de muerte.

El 18 de Julio de 1947 es transportado a la Prisión Militar Aliada en Berlín-Spandau, donde de por vida, debían turnarse los custodios aliados, para vigilarlo. El 01 de Octubre de 1966 fueron liberados Speer y v. Schirach y de esa forma Rudolf Hess se convierte en el hombre más solitario del mundo, y el único Alemán preso de por vida, fuera de la Cortina de Hierro.

Inútiles fueron los esfuerzos de miles de personas por liberar a Hess, incluso apelando al principio de que todo condenado a prisión perpetua ha sido liberado, 20 o 25 años después. Ni su edad fue causa suficiente, pues durante 40 años siempre los soviéticos se opusieron a la clemencia, aún cuando contaba con más de 90 años de edad. Los soviéticos nunca le perdonaron que intentara la paz con Inglaterra para poder derrotar a la URSS en un solo frente. El 17 de Agosto de 1987, muere en el Hospital Militar Inglés en Berlín, por causas misteriosas, aunque oficialmente por suicidio.